В центре перешейка, соединящего полуостров Святой Нос с материком, находятся озера Большой и Малый Арангатуй - это самые большие озера на территории национального парка (площадь озер - около 55 км2, длина - 12 км, ширина - 4-8 км, глубина - 10-12 м). Название "Арангатуй" произошло от бурятского слова "аранга" - "помост, вышка на столбах", которые использовались для охоты на диких зверей или хранения в лесу продуктов. Арангатуй - место гнездования редких и исчезающих птиц: лебедей, цапель, журавлей, гагар. Безымянные острова между Малым и Большим Арангатуем представляют собой уникальные миниатюрные орнитологические комплексы. С наступлением весны здесь собираются птичьи базары, и над озером стоит птичий гомон.

В озере и его заливах водится рыба: елец, язь, сазан, окунь, щука и другие виды. Озера соединяются протокой Исток с Чивыркуйским заливом. Они окружены мохово-осоковыми болотами с многочисленными мочажинами. С востока и юго-востока к Большому озеру подступает сильно заболоченный разреженный лес с ельником, березовым редколесьем и болотным кустарником из багульника. Расстояние от берега Баргузинского залива до озера - около 7 км. Для экскурсии на эти озера нужна резиновая лодка.